R에서 당신을위한 제안 제안
내가 R 함수를 사용할 때 오류가 발생합니다.
Warning messages:
1: glm.fit: algorithm did not converge
2: glm.fit: algorithm did not converge
내가 뭘 한거지 :
- 기능을 통해 단계
- 더 많은 기능을 사용하여 인쇄 할 수
glm.fit있습니다. 그들은이다window()와save().
내 일반적인 접근 방식에는 추가 print및 stop명령과 예외를 사용할 수있을 때까지 한 줄씩 기능을 단계별로 실행하는 것이 포함됩니다.
그러나이 오류가 코드에서 발생하는 기술을 사용하는 것은 분명하지 않습니다. 코드 내에서 어떤 함수가 있는지 확실하지 않습니다 glm.fit. 이 문제를 진단 어떻게 진단?
필요한 것은 예술적이라고 말하면 명확한 은색 총알이 없습니다. 어떤 언어로든 배포를위한 좋은 전략이 여기에도 적용됩니다 (예 : 이 멋진 기사 읽기 ). 예를 들어, 첫 번째 는 문제 를 재현하는 것입니다 ... 할 수없는 경우에 대한 정보를 가져옵니다 (예 : 로깅). 재현 할 일단 그것을 수있게되면 그것을 소스 로 줄여야 합니다.
"트릭이 아니라 내가 좋아하는 것이 아니라 말할 것입니다.
- 일반적으로 가장 먼저 오류가 발생하는 일은 다음을 호출하여 스택 추적을 보는 것입니다
traceback(). 오류가있는 위치를 보여줍니다. 여러 중첩 함수가있는 경우 특히 유용합니다. - 다음으로 설정하겠습니다
options(error=recover). 이 즉시 오류가 발생하는 브라우저 모드로 전환되는 곳에서 작업 공간을 찾아 볼 수 있습니다. - 정보가 충분 그래도하지 일반적으로
debug()함수를 사용하여 한 줄씩 펼쳐지는 단계별로 실행합니다.
R 2.10에서 가장 좋은 새로운 트릭은 (서비스 파일로 작업 할 때) findLineNum()및 setBreakpoint()기능 을 사용하는 것입니다.
마지막 의견 : 오류에 따라 외부 함수 호출 (. S4 클래스를 처리 할 때) 을 설정 try()하거나 tryCatch()설명 하는 것이 매우 유용합니다 . 더 많은 정보를 제공 할뿐만 아니라 운전시 오류 처리 방법을 강력하게 제어 할 수도 있습니다.
이 관련 질문에는 많은 제안이 있습니다.
지금까지 본 최고의 연습은 다음과 가변합니다.
http://www.biostat.jhsph.edu/%7Erpeng/docs/R-debug-tools.pdf
아무도 동의하지 않습니다.
으로는 나에게 지적 된 또 다른 질문 , Rprof()그리고 summaryRprof()수있는 좋은 도구 프로그램의 느린 부분을 수는 그 속도를 향상 시키거나 C / C ++ 구현에 이동에서 힘 혜택은. 시뮬레이션 작업이나 기타 성능 또는 데이터 집약적 활동을 수행하는 경우 더 수 있습니다. profr패키지 는 결과를 더욱 도움 이 될 수 있습니다.
의 배움 나는 약간에 대해 배우는 발 차기 때문에 다른 스레드 에서 또 다른 제안을하고 있습니다 .
options(warn=2)오류와 같은 경고를 처리하도록 설정
또한 options사용하여 자주 사용하는 경고가 발생했을 때 작업의 경고가 발생합니다. 예를 들어 :
- Shane이 지적한대로 (및 R다고 경고에 설명 된대로 또는 오류가 발생했을 때 실행
options(error=recover)하도록 설정하십시오 .recover()
그리고 @Shane의 링크 중 하나에서 또 다른 두 가지 방법 :
- 내부 함수 호출을 랩하여
try()더 많은 정보를 리턴하십시오. - * 적용 기능의 경우
.inform=TRUE(plyr 패키지에서) apply 명령에 대한 옵션으로 사용하십시오
@JoshuaUlrich 는 또한 클래식 browser()명령 의 조건부 기능을 사용하여 당신 을 켜고 끄는 깔끔한 방법을 지적했습니다 .
- 원하는 함수 안에 넣습니다.
browser(expr=isTRUE(getOption("myDebug"))) - 그리고 글로벌 옵션을
options(myDebug=TRUE) - 브라우저 호출을 래핑
myBrowse <- browser(expr=isTRUE(getOption("myDebug")))한 다음myBrowse()전역을 사용하여 호출 할 수도 있습니다.
그런 다음 R 2.10에서 사용할 수있는 새로운 기능이 있습니다.
findLineNum()소스 파일 이름과 줄 번호를 제안합니다. 이것은source().R 파일 일 때 도움이 되고 #n 행에서 오류를 반환하지만, #n 행에 어떤 기능이 있습니다.setBreakpoint()소스 파일 이름과 줄 번호를 가져와 거기에 중단 점을 설정합니다.
codetools 의 패키지, 특히 그 checkUsage기능 현관은 빠른 구문과 컴파일러는 일반적으로보고 할 수없는 문체 오류 따기에 (사용하지 않는 지역 주민, 글로벌 함수와 변수, 부분 인수 매칭을하지 않은, 등)에 특히 도움이 될 수 있습니다.
setBreakpoint()에보다 사용자가 전형적인 엔드 trace()입니다. 이 기능의 작동 방식에 대한 자세한 내용은 최신 R Journal 가이드를 참조하십시오 .
디버그 다른 사람의 패키지에 시도하는 경우에 문제를 발견하면, 당신은 할 수 의 기능을 통해 쓰기 로 fixInNamespace하고 assignInNamespace, 생산 코드에서 사용하지 않습니다.
이 중 일부는 위에 존재하는 일부 는 존재하지 않는 표준 R 존재하지 않습니다. 특히 사후 필요한 도구 는 시간이 많이 소요되고 재실행하지는 코드가있을 때 유용합니다.
마지막으로 오류 메시지를 표시하지 않는 것처럼 보이는 까다로운 문제의 경우 options(error=dump.frames)다음 질문에 자세히 설명 된대로 사용할 수 있습니다 . 오류가 발생하지 않는 오류
어느 시점에서 glm.fit호출되고 있습니다. 즉, 호출하는 함수 중 하나 또는 해당 함수가 호출하는 함수 중 하나가 glm, glm.fit.
내가 언급 한 내 댓글에 언급대로 또한, 그건 경고 가 아닌 오류가 큰 차이를 보았다. (누군가가 나에게 틀리고 말하기 전에 사용하기 전에 경고에서 R의 주문 도구를 트리거 할 수 없습니다.
경고를 오류로 전환하는 옵션을 변경하면 R의 주문 도구를 사용할 수 있습니다. 에서 ?options우리가 :
‘warn’: sets the handling of warning messages. If ‘warn’ is
negative all warnings are ignored. If ‘warn’ is zero (the
default) warnings are stored until the top-level function
returns. If fewer than 10 warnings were signalled they will
be printed otherwise a message saying how many (max 50) were
signalled. An object called ‘last.warning’ is created and
can be printed through the function ‘warnings’. If ‘warn’ is
one, warnings are printed as they occur. If ‘warn’ is two or
larger all warnings are turned into errors.
따라서 실행하면
options(warn = 2)
그런 다음 코드를 실행하면 R에서 오류가 발생합니다. 어느 시점에서 사용할 수 있습니다.
traceback()
호출 스택을 확인합니다. 여기에 예가 있습니다.
> options(warn = 2)
> foo <- function(x) bar(x + 2)
> bar <- function(y) warning("don't want to use 'y'!")
> foo(1)
Error in bar(x + 2) : (converted from warning) don't want to use 'y'!
> traceback()
7: doWithOneRestart(return(expr), restart)
6: withOneRestart(expr, restarts[[1L]])
5: withRestarts({
.Internal(.signalCondition(simpleWarning(msg, call), msg,
call))
.Internal(.dfltWarn(msg, call))
}, muffleWarning = function() NULL)
4: .signalSimpleWarning("don't want to use 'y'!", quote(bar(x +
2)))
3: warning("don't want to use 'y'!")
2: bar(x + 2)
1: foo(1)
여기에서 4:이상 프레임 은 무시할 수 있습니다 . foo호출 bar되고 bar경고 가 생성되는 것을 볼 수 있습니다. 어떤 함수를 호출했는지 보여줄 것입니다 glm.fit.
이제 전환하여 R에 오류가 표시 될 때 디버거에 오류를 표시 할 수 있습니다. 이를 위해 다음을 실행해야합니다.
options(error = recover)
다음은 그 예입니다.
> options(error = recover)
> foo(1)
Error in bar(x + 2) : (converted from warning) don't want to use 'y'!
Enter a frame number, or 0 to exit
1: foo(1)
2: bar(x + 2)
3: warning("don't want to use 'y'!")
4: .signalSimpleWarning("don't want to use 'y'!", quote(bar(x + 2)))
5: withRestarts({
6: withOneRestart(expr, restarts[[1]])
7: doWithOneRestart(return(expr), restart)
Selection:
그런 다음 해당 프레임 중 하나에 경고가 발생했을 때 어떤 일이 발생했는지 확인할 수 있습니다.
위의 옵션을 선택하십시오 설치 다음을 입력하십시오.
options(error = NULL, warn = 0)
인용하는 특정 경고에에서는 코드에서 더 많은 반복을 허용해야 할 가능성이 있습니다. 당신이 호출되는 것을 발견하면 glm.fit, 그것에게 전달하는 방법을 해결 control하여 인수를 glm.control-참조 ?glm.control.
그래서 browser(), traceback()그리고 debug()술집으로 걸어두고 trace()대기 외부 모터 실행을 유지합니다.
browser함수 어딘가에 삽입 하면 실행이 중지되고 입력을 기다립니다. 를 사용하여 n(또는 Enter) 앞으로 이동 하거나 사용 하여 전체 청크 (반복)를 실행 하거나 사용 c하여하여 현재 루프 / 함수를 완료 f하거나 종료 할 수 있습니다 Q. 참조하십시오 ?browser.
를 사용하면 debug브라우저와 같은 효과를 사용할 수 있습니다. 단축키가 적용됩니다. 이 기능은 사용하여 끌 때까지 "디버그"모드에 있습니다 undebug(즉, 이후 debug(foo)에 함수 foo를 실행하면 언제까지 매번 "디버그"모드로 들어갑니다 undebug(foo)).
좀 더 일시적인 대안은 debugonce다음 번에 평가 될 때 함수에서 "디버그"모드를 제거합니다.
traceback 문제가 해결 지점 (실제 오류)까지 함수 실행 흐름을 제공합니다.
trace예를 들어를 사용하여 함수에 코드 비트 (예 : 사용자 지정 함수)를 삽입 할 수 있습니다 browser. 이 패키지의 함수에 유용하며 멋지게 접힌 소스 코드를 여기에 너무 게으르다.
내 일반적인 전략은 다음과 가변합니다.
traceback()문제를 찾기 명백한 위해 실행options(warn=2)경고를 오류처럼 처리 설정options(error=recover)오류 발생시 호출 스택에 포함하도록 설정
여기에 제안 된 모든 단계를 수행 한 후 , 설정 하면 유용한 정보 .verbose = TRUE가 foreach()많이 제공 된다는 사실을 방금 알게 되었습니다 . 특히 foreach(.verbose=TRUE)foreach 루프 내부에서 오류가 발생하는 위치를 정확히 보여 주지만 foreach 루프 내부를 보지 않습니다 traceback().
debugCRAN 에서 패키지로 사용할 수있는 Mark Bravington의 디버거 는 매우 훌륭하고 매우 간단합니다.
library(debug);
mtrace(myfunction);
myfunction(a,b);
#... debugging, can query objects, step, skip, run, breakpoints etc..
qqq(); # quit the debugger only
mtrace.off(); # turn off debugging
코드는 강조 표시되는 것이 어떤 일이 일어나고 있는지 볼 수 있고 강조되는 기능 에서도 mtrace()다른 기능을 호출 할 수 있습니다 .
HTH
나는 Gavin의 대답을 좋아한다 : 나는 (오류 = 복구)에 대해 대해 몰입합니다. 또한 코드를 단계별로 사용하여 '디버그'패키지를 사용하고 싶습니다.
require(debug)
mtrace(foo)
foo(1)
이 시점에서 함수를 현재 위치의 디버그 열리고 코드에서 현재 위치를 나타냅니다. 기본 창에서 코드는 디버그 모드로 전환되고 Enter 키를 계속 실행할 코드를 단계별로 진행하고 (다른 명령도 있음) 변수 값 등을 검사합니다. 디버그 창의 노란색 선은 계속 이동하여 위치를 표시합니다. 당신은 코드에 있습니다. 널 사용하여 추적을 끌 수 있습니다.
mtrace.off()
여기 에서 받은 답변을 바탕으로 설정을 확인해야 합니다. 이것이 출력되는 경우 오류가 발생하면 콘솔에 다음과 같은 텍스트가 표시 됩니다.options(error=recover)traceback
> source(<my filename>)
Error in plot.window(...) : need finite 'xlim' values
In addition: Warning messages:
1: In xy.coords(x, y, xlabel, ylabel, log) : NAs introduced by coercion
2: In min(x) : no non-missing arguments to min; returning Inf
3: In max(x) : no non-missing arguments to max; returning -Inf
Enter a frame number, or 0 to exit
1: source(<my filename>)
2: eval.with.vis(ei, envir)
3: eval.with.vis(expr, envir, enclos)
4: LinearParamSearch(data = dataset, y = data.frame(LGD = dataset$LGD10), data.names = data
5: LinearParamSearch.R#66: plot(x = x, y = y.data, xlab = names(y), ylab = data.names[i])
6: LinearParamSearch.R#66: plot.default(x = x, y = y.data, xlab = names(y), ylab = data.nam
7: LinearParamSearch.R#66: localWindow(xlim, ylim, log, asp, ...)
8: LinearParamSearch.R#66: plot.window(...)
Selection:
어느 지점에서 입력 할 "프레임"을 선택할 수 있습니다. 선택하면 browser()모드가됩니다.
Selection: 4
Called from: stop(gettextf("replacement has %d rows, data has %d", N, n),
domain = NA)
Browse[1]>
그리고 오류 발생의 환경을 검사 할 수 있습니다. 완료되면 입력 c하여 프레임 선택 메뉴로 돌아갑니다. 완료되면 입력 0하여 종료하십시오.
나는 더 최근의 질문 에이 대답을 주 었지만 완전성을 위해 여기에 추가하고 있습니다.
개인적으로 나는 경향을 위해 함수를 사용하지 않습니다. 나는 이것이 해결되는 것이 큼 많은 문제를 종종 발견합니다. 또한 Matlab 배경에서 왔기 때문에 코드 에서이 작업을 수행하는 것보다 IDE (통합 개발 환경) 에서이 작업을 수행 할 수있는 것이 좋습니다. IDE를 사용하면 코드를 깨끗하고 간단하게 사용할 수 있습니다.
R의 경우 "RStudio"( http://www.rstudio.com ) 라는 IDE를 사용합니다.이 IDE는 Windows, Mac 및 Linux에서 사용할 수 있습니다.
2013 년 10 월경 (0.98ish?) 이후 Rstudio 버전에는 펼쳐지는 기능에 중단 점을 추가하는 기능이 있습니다. 이렇게 필요한 파일의 왼쪽 여백을 클릭하여 중단 점을 추가하면됩니다. 중단 점을 설정 한 다음 해당 지점부터 단계별로 설정 가능합니다. 또한 해당 환경의 모든 데이터에 액세스 할 수 있으므로 명령을 시도해 볼 수 있습니다.
자세한 내용은 http://www.rstudio.com/ide/docs/debugging/overview 를 참조하십시오. Rstudio가 이미 설치되어있는 경우 업그레이드해야합니다. 이것은 새로운 (2013 년 후반) 기능입니다.
다른 IDE를 사용하여 사용할 수 있습니다.
물론 그것이 내장 된 함수라면이 토론에서 다른 사람들이 제안한 몇 가지 제안에 의존해야 할 수도 있습니다. 그러나 수정이 필요한 자체 코드 인 경우 IDE 기반 솔루션이 필요합니다.
참조없이 인스턴스 참조 클래스 메서드 를 디버깅하려면
ClassName$trace(methodName, browser)
가장 기본적인 요구 사항 인 BY DEFAILT- 오류 줄 번호를 인쇄하지 않는 것은 R / Rstudio 에서 농담이라고 생각하기 시작했습니다 . 오류가 발생한 위치를 찾는 유일한 신뢰할 수있는 방법은 역 추적 ()을 추가로 호출 하고 맨 위 줄을 보는을 구석으로입니다.
참고 URL : https://stackoverflow.com/questions/4442518/general-suggestions-for-debugging-in-r
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